Он скончался от инсульта в военном госпитале Буэнос-Айреса. С 2005 года Массера находился под домашним арестом, поскольку было решено, что 85-летний политик не может предстать перед судом по состоянию здоровья, передает .
Эмилио Массера вместе Хорхе Рафаэлем Виделой и Рамоном Орландо Агости возглавил военную хунту Аргентины после переворота 1976 года. В конце 1978 года он ушел в отставку.
После падения хунты в 1983 году Массера, как и его сподвижники, был осужден по обвинениям в пытках и убийствах мирных граждан. В результате развернутых правящей хунтой политических репрессий бесследно исчезли, по данным различных источников, от 18 тыс. до 30 тыс. граждан. Трибунал приговорил его за нарушения прав человека к пожизненному заключению и лишению звания адмирала. В 1990 году Массера был помилован указом тогдашнего президента страны Карлоса Менема. В 1998 году он снова был арестован по делу о нарушении прав человека, в 2004-м перенес инсульт, после чего дело было приостановлено.